Klášter, který v této lokalitě vznikl zřejmě na konci 13. století a v němž působili minorité, zanikl
za husitských válek. Teprve na sklonku 15. století poničený klášter obdrželi darem čeští bratři – ti
zde zřídili bratrský sbor, školu a tiskárnu.

Areál se pod názvem Karmel stal vzdělávacím a duchovním střediskem Jednoty bratrské.  Působila zde řada výrazných osobností své doby, např. Jan Blahoslav, biskup Jednoty bratrské, a tiskař Mikuláš Klaudián, autor první tištěné mapy Čech.

Po bitvě na Bílé Hoře klášter znovu získali minorité. Během jejich působení areál nabyl prakticky současné podoby a v letech 1675 -1711 byl vybudován kostel sv. Bonaventury v barokním slohu. Na konci 18. století byl celý komplex předán piaristům, kteří sem přestěhovali své gymnázium i kolej
z nedalekých Kosmonos.

Nejmladší budovou celého komplexu je konvikt, který měl pro studenty gymnázia zajistit potřebné zázemí (ubytování, stravování atd.). Byl však vybudován na přelomu 19. a 20. století, tedy v době, kdy již školství patřilo do kompetence státu. Poslední piarista žijící Na Karmeli, Cyril Žampach, zemřel v polovině 60. let 20. století.

V druhé polovině 20. století se historické budovy areálu Na Karmeli využívaly k různým účelům – pouze konvikt sloužil jako vzdělávací instituce (učňovská škola). Část kláštera užíval Městský bytový podnik pro sklady a dílny a Klaudiánova tiskárna se stala obytných domem.