Fabian loistavat ajo-ominaisuudet ja tarkka, tasapainoinen reagointi kuljettajan toimintaan luovat perusedellytykset turvalliselle matkanteolle. Fabia auttaa kuljettajaansa välttämään vaaratilanteita tai selviytymään niistä turvallisesti.

Alustan rakenteiden perusteelliset testit, erinomainen jousitus ja sähköhydraulinen ohjaustehostin tekevät auton käsittelystä kaikissa tilanteissa esimerkillisen vaivatonta. Kaikissa Fabia-malleissa on vakiovarusteena lukkiutumattomat ABS-jarrut, Dual Rate -hätäjarrutustehostin, ASR-vetoluistonesto sekä MSR-moottorijarrutusmomentinsäätö. Omalta merkittävältä osaltaan ne vaikuttavat ohjattavuuden säilymiseen ja auton turvallisen helppoon käsiteltävyyteen. Ambiente-mallista lähtien kaikissa Fabia-malleissa on vakiovarusteena myös ESP-ajonvakautusjärjestelmä. Lisävarusteena saatava TPM-rengaspaineseurantajärjestelmä on turvalliseen ajamiseen liittyvä varuste (vakio Sport-mallissa). Se varoittaa jonkin renkaan alkaessa tyhjentyä.

Korirakenteet on suunniteltu ja vahvistettu huolellisesti, jotta ne parhaalla mahdollisella tavalla sitovat ja ohjaavat törmäysvoimia. Vakiovarustus sisältää kuljettajan ja etumatkustajan turvatyynyt ja sivuturvatyynyt. Ambiente-varustelusta lähtien Fabiassa on vakiovarusteena ikkunaturvatyynyt. Myös lastenistuinten ISOFIX-kiinnikkeet löytyvät vakiovarusteena takaistuimen ulommilta paikoilta.